Cambio climático: El blanqueamiento de los corales es una de las principales causas de la degradación actual de los arrecifes de coral. Es la pérdida de las zooxantelas simbióticas y/o pigmentos que viven dentro de su tejido, debido al estrés por temperaturas inusualmente altas relacionadas con los efectos del cambio climático. El incremento anómalo de la temperatura del mar, tan bien se relaciona con los brotes de enfermedades microbianas.

La acidificación del océano, que no es más que la absorción de dióxido de carbono, desencadena una serie de reacciones químicas que disminuyen su pH y la concentración de carbonato en el agua. El carbonato es vital para los organismos calcificadores como los corales. La menor disponibilidad de carbonato reduce la tasa de crecimiento de los corales y los hace estructuralmente más débiles.

Eventos meteorológicos extremos como los huracanes han sido considerados un aliado de los arrecifes coralinos, debido a que durante su paso, infieren en la dominancia de algunas especies creando diversidad, remueven nutrientes, transportan materiales (fragmentos de corales  vivos y muertos) que influyen en su crecimiento y refrescan la temperatura del océano. Sin embargo, el incremento en intensidad y frecuencia de las tormentas tropicales a causa del cambio climático, unido a las afectaciones que ya sufren los arrecifes coralinos, pueden causar más daños que beneficios.

Enfermedades microbianas: El brote de enfermedades microbianas ha causado gran mortalidad en los corales, siendo una de las principales causas de la disminución de la cobertura de coral vivo en los arrecifes a nivel mundial. La proliferación de la banda blanca a finales del siglo pasado, fue la principal causa del declive de los acropóridos en el Caribe. En la actualidad, la enfermedad de pérdida de tejido de coral pétreo (SCTLD o Síndrome Blanco) es una nueva enfermedad letal reportada por primera vez en Florida en 2014 y dispersada a lo largo de todo el Caribe. Se desconoce su causa, pero se caracteriza por su rápida propagación y por provocar múltiples lesiones a las colonias de coral las cuales mueren rápidamente. Afecta a más de 30 especies de corales, especialmente corales meandroides (cerebros y columnales) y demás especies masivas.

Especies Invasoras: Una especie invasora es una especie no nativa introducida en un área, y puede tener un efecto ecológico o ambiental adverso en el ecosistema originario, ya sea de forma directa o indirecta. Las especies invasoras se propagan debido a la falta de competencia o por la falta de depredación de los organismos presentes.

Entre las especies que han invadido a los arrecifes de coral, se destaca el pez león Pterois volitan-miles, proveniente del Indo-Pacífico. La invasión del pez león causó gran interés en el ámbito científico, debido al potencial peligro que significaba para las tramas tróficas de los arrecifes coralinos dado su voracidad y variada dieta, su capacidad de establecerse en disímiles ambientes, su alta tasa de reproducción y lo principal, que no tenía casi depredadores. Su impacto pudo comprobarse en arrecifes pequeños y aislados. Sin embargo, en la actualidad ha disminuido el interés hacia el pez león, que al parecer ha estabilizado su abundancia y ya forma parte de las comunidades ícticas del arrecife.

Existen otras especies invasoras que han llegado al Atlántico occidental pero que han tenido menor auge y difusión. Se destaca entre ellas el género de coral ahermatípico Tubastrea, que en ciertas regiones se ha reproducido ampliamente, siendo un potencial peligro para especies colindantes. También se conoce de la invasión de algas, crustáceos, esponjas, entre otros.